Quản lý chi phí chuỗi cung ứng đặt ra nhiều thách thức đáng kể, vì chuỗi hoạt động này trải dài qua nhiều bộ phận, từ mua hàng đến giao hàng, tới khách hàng cuối cùng, mỗi giai đoạn yêu cầu kiểm soát ngân sách theo cách riêng. Hơn thế, chuỗi cung ứng ngày càng phức tạp, việc giảm chi phí ở một khía cạnh trong chuỗi có thể làm tăng chi phí ở một khía cạnh khác. Điều này đòi hỏi các nhà quản lý phải hiểu rõ mối tương quan giữa các quy trình khác nhau và tác động của việc giảm chi phí ở một giai đoạn đối với toàn chuỗi cung ứng.

Mặt khác, quản lý chi phí hiệu quả không chỉ liên quan đến việc cắt giảm chi phí mà còn đòi hỏi tối ưu hóa các hoạt động để mang lại giá trị tối đa. Điều này tác động đến chi phí tổng thể của sản phẩm, dịch vụ và đóng vai trò quan trọng trong việc duy trì và tăng cường hiệu quả của chuỗi cung ứng.